Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её новый отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион от любого сопротивления. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости таинственный заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта девочку встречает фея, которая приводит её к Фавну, хранителю подземного царства. Существо раскрывает Офелии потрясающую тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую разыскивает её отец на протяжении многих столетий. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до наступления полнолуния, сохраняя свою миссию в строжайшей тайне ото всех.